台湾前总统李登辉在7月30日，因为并发症过世于台北荣总医院，享年98岁，日本首相安倍晋三在7月31日表示：痛惜之极。
安倍晋三31日在官邸就台湾前总统李登辉去世向媒体表示：“李登辉总统为日本和台湾的亲善关系，增进友谊做出很大的贡献，作为建立日台关系基础的人，他始终带着特别的感情对待日本，日本国民对他感到特别亲切。对于李登辉原总统的去世，深表哀悼，并希望他安息。
日本官房长官菅义伟在31日的记者会上表示：李登辉“构筑了今日台湾的民主主义和日台关系的原总统，给很多的日本国民留下了深刻的印象“，并表示在自民党下野的时候他曾访问过台湾，和李登辉见过面。他说“虽然那时已是接近90岁高龄，但是让人感到充满了力量，热情地谈论着对台湾和对日本的想法，给我留下了深刻的印象。”
对李登辉的逝世，菅义伟表示“无限痛惜，李原总统不仅为增进日台之间的友好做出了巨大贡献，而且为自由、民主主义和法治的统治这一普世价值扎根于台湾发挥了极其重大的作用”。
但在谈及日本是否会派代表参加李登辉的葬礼时菅义伟表示：无计划派政府人士出席李登辉葬礼。
李登辉生和日本渊源甚深，22岁以前在殖民地台湾是日本国籍，日本统治时代的日本名为“岩里政男”。
