幸好，朗诺只反共，不排华。1971年朗诺政府授权守法的华人团体建立新的“高棉人-中国人联盟会”，声称“在高棉人和华人之间维持友好关系。”
留在金边的那些“革命”华人还在暗中进行颠覆活动。华人文清的证词：“1970年朗诺政变后，我在金边参加反朗诺政府的斗争，为‘解放区’传送情报和搞侦察活动，并通过教课来宣传‘爱国’思想，争取华人学生参加反朗诺政府的地下组织。记得为了送一份情报到‘解放区’，我和几个学生骑自行车，从金边出发到西北方向的地点送情报，一路上不知道何因，被朗诺政府的侦探盯上，为了不让情报落入侦探手中，我毅然把藏在钢笔内的文件吞入肚里。还有一次，我为了画一张敌人的驻军及武器分布情况的图，为完成任务不惜危险，穿上（朗诺士兵）军服，与敌人据点的守军打交道，请他们吃喝，以达到准确获取有关情报的目的。”
尽管“革命华人”竭力支持红高棉的革命运动，但红高棉并不买账。红高棉的政策是把华人整体划入“资产阶级”而加以隔离和防范，从而使华人面临着比高棉人更为严峻的“阶级斗争”压力。而且，红高棉每进入一个城镇，总是抢劫和彻底破坏当地市场，这对于赖以小商业为生的华人是大灾难。研究员威莫特（Willmott）说：这种破坏几乎消灭了乡镇商业贸易，“所有的华人都变成了失去财产的资产阶级”。在贡布、波萝勉、柴桢、磅占等省的“解放区”，还屡次发生过红高棉逮捕、枪杀从城市投奔“解放区”的华人的事件。
1974年4月28日在“华运”的中心地区橘井（华运称之为“柬埔寨的延安”）发生了针对“华运”的排华事件：大批红高棉武装人员开进橘井市，把机关枪架在街上，对准华人住宅，限令全部华人立即离开家园到农村劳动，并拘捕了嫌疑“煽动华人回中国”的百多名“华运”人员，这些人受到毒刑折磨，后被杀掉。红高棉一举打掉了这个“柬埔寨的延安”，随后橘井地区的全部华校都被红高棉取缔，华人的“革命热情”遭到沉重打击。那位“寻求共产党保护而一家来到橘井地区”的华人作证说：“1974年华校全都被红高棉关闭了，我们只好离开（橘井）往南迁。”
随着越共在柬埔寨的节节胜利和朗诺政府控制力的衰减，红高棉“解放区”迅速扩大。红高棉把帮会的黑话方式也应用到地名。他们废除各省（khet）名称，把各省编为数字代号的“分区”，分别划入五个大区。例如“1号地区”是西北大区的一个分区，基本上就是原来的马德望省。西北大区有七个分区，代号从1号到7号，似乎还有些排列顺序。但其它大区的分区代号是被任意标记的，没有序列性。例如磅通省被编为43号分区和41号分区，相邻的磅占省被编为21号分区，暹粒省被编为106号分区，橘井省为505号分区。各分区的红高棉武装队的代号就是该分区的编号。这种数字代号除了使人感到神秘和困惑之外，看不出有任何的实用意义，它只是红高棉神秘特色的伸延。
1971年初，红高棉“党中央”组建金边以西的“特别大区”，包括实居省和半个磅清扬省，温威（波布的亲信）担任“特别大区”的柬共首领和红高棉军事司令，他的总部代号是“305”。同年7月，红高棉“党中央”将紧邻金边的干拉省南部（25号分区）也划归“特别大区”。这“25号分区”处于湄公河流域，是一个稻农菜农商人市民密集、农副渔业繁盛的地区，那里还住有大量的华裔和越南裔。60年代这个地区选举了乔森藩为议员。该地区的红高棉第25部队是特别大区的主力部队，由罗恩（Roeun）统领。不久，15号分区（干拉省北部）也划归了“特别大区”，原金边的柬共工运负责人程安（华裔）作为温威的得力助手，任“特别大区”的柬共副首领。这时期，程安以其远见，收罗了数百个工业技术员和熟练工人，这批人后来组成了红高棉政权的工业系统基础。
在东部，索平是柬共首领和红高棉军事司令。农苏恩（现在化名Chey）协助索平。索平的得力助手卓乌克（Chhouk）是24号分区（柴桢省）柬共首领。28岁的查克雷（Chan Chakrei，原佛教和尚）统领东区主力部队（红高棉第1部队）。谢杰（波布的亲信）担任东区22号分区（菠萝勉省）柬共首领，统领红高棉第22部队。有研究指出，谢杰可能被波布安插在东部负责监视索平和那里的干部。在西北部，三巴特是西部的柬共首领兼红高棉军事司令。他的主要助手克平是4号分区（马德望省北部）的柬共首领，统领红高棉第4部队。三巴特的另一助手柯金霍（Ke Kim Huot）是7号分区（菩萨省）的柬共首领，统领红高棉第7部队。
在西南部，塔莫是西南大区的柬共首领兼红高棉军事司令，西南部的红高棉主力由第13部队和第11部队构成。塔莫的特点是把西南部“解放区”变为他的家庭统治，那里的要职几乎都被塔莫的家人和姻亲所担任。塔莫的一个女婿密穆特（Meah Mut）是13号分区（茶胶省）的柬共首领，统领红高棉第13部队；另一个女婿苏麦特（Sou Met）是33号分区（贡布省）的红高棉第33部队的领导人。塔莫的几个儿子和其他女婿也分别是西南部各分区的柬共首领或部队统领。不过，塔莫家族势力在向西南部37号分区（国公省Koh Kong）伸延时遇到挫折，被当地柬共首领少康（Sau Kang）等人所抵制。
在北部，红高棉的发展最为显著，实力也最大。克多恩手下的人才如云，主要有都恩、柯袍、斯仁、苏华斯（Suas Va Si）、包查、提欧（克多恩的昔日教师）等人。侯荣、胡宁也在克多恩的总部帮办。1972初，柯袍成为北部的红高棉军事司令。柯袍说他在北部组建和扩张了3种军事力量：小区级武装，每区120人；分区级武装，每区1～2个营，每营300～500人；大区级武装，13个营，每营360～500人。北部的红高棉部队总数约2万人，是红高棉最强大的军事力量，他们甚至利用中国的援助组建了一支装甲部队。东部、西南部和西北部的红高棉部队大约各有1万人。如此，1972年底红高棉部队总数已近5万人。较之在1970年朗诺政变前，红高棉武装已剧烈膨胀了几十倍。
然而，在红高棉各大区之间逐渐有了不合，加深了红高棉内部的宗派。1971年索平收罗了一些北部干部到东区工作，引发了北部大区与东部大区的争执。1973 年，索平的东区红高棉第126 连队指挥员韩桑林（Heng Samrin）率20名战士行经西南大区的茶胶省，被塔莫部队扣押。索平出面与塔莫交涉才放回，索平对此相当不满。在北部，柯袍逐渐与他的恩师克多恩发生对立，成见加深，柯袍变成克多恩的对手。
1972年2月，红高棉在磅通省“解放区”建立了一个秘密单位“M-13”，由宋成领导。宋成，身材修长，一天到晚戴着个黑色宽边眼镜，化名“乔”（Khieu）。1973年宋成改任红高棉部队总参谋长，仍兼管M-13。M-13是个专门清洗内部敌人的防卫机构，类似于斯大林时期的秘密警察和中共延安时代的“锄奸部”。它的具体操作者是前中学数学教员、在1964年被中国进修生感染了共产主义观念的康克由，他化名杜赫（Duch，如今是大名鼎鼎）。杜赫，身材清瘦，面相温和，毫不显得凶恶暴戾，但他对敌斗争极为坚定。他选取的主要助手是曾经与他共同闹事的中学教员曼奈（Mam Nay）。曼奈身材奇高，冷酷残忍，喜好酷刑审讯。曼奈的副手是原小学教员庞（Pon，又名唐新Tang Sin），他是个以毒辣折磨令人害怕的拷问员。第一份向世人披露杜赫的报告，是法国人佛兰索斯•比索（Francois Bizot），他于1970年被红高棉游击队逮捕，杜赫指责他是美国中央情报局（CIA）的密探，关押了两个月才释放了他。比索的印象是“杜赫把所有不同观点的人，都视为叛徒和说谎者。”M-13的清洗对象，主要是那些西哈努克的忠诚者、“柬共河内派”干部、与朗诺政权有关系的人、以及“不愿再追随党”的红高棉分子，另外还有不少是被告发的普通村民。这些人总是被通知去学习或调动，然后在半路上被逮捕，然后就永远消失了，而这一切完全不经任何程序。这种逮捕和处决，其后被红高棉“党中央”推广全国，成为规范性用法，因此柬埔寨人听到“学习或调动”，便知自己的死期已到。
M-13的构造是由木棍和竹篱笆围起来的土监狱，有4间平房用于审讯拷打，有多个4米宽、5米长、2米深的露天大土坑作为牢房。土坑底部的四壁排列有固定脚镣的铁环，用来锁铐囚犯的双脚，使囚犯不能移动身体也无法站起来。当囚犯被押送到M-13时，他们被扔进大土坑里，等候已设定的罪名分类。
一个在1973年6月幸存的农民囚犯韩应（Ham In）在刚被送到M-13时，一些囚犯低声告诉他：“你必须承认那些（假设的罪名），否则你会被打死。”他记得当时有十多个“柬共河内派”干部也被押送到这个监狱。杜赫总是重复说：“所有被带到这里的人都必须招供。”M-13不需要侦破什么，只需要招供认罪。为了取得招供，通常的用刑是：把大头针钉入受害者的指甲；捆吊受害者并刀割其身体多处，让受害者惊恐地看着自己的血不停地流进一个大盆；或者用木锤子反复猛击受害者的胸部和后背，打碎每根肋骨，直到受害者昏迷或当场死亡。杜赫喜欢用中国发明的“再教育”一词代替处决命令。简单的处决是以枪击毙，其它的处决是斧子劈砍或刀割喉咙，让血泊泊流进已准备好的土坑里——行刑者担心到处流淌的血会玷污自己的鞋子。有时200个囚犯被同时处决，把尸体扔进一个大土坑（集体坟坑）。在这种坑里到处都能看见人头和尸骨。在M-13从建立到它日后迁到金边扩建为S-21监狱的4年时间里，估计有2万人死于M-13。
1971年9月13日，中国政局发生巨变：中共第二号人物林彪与毛泽东决裂，深夜出走蒙古国，不幸飞机坠毁，林彪覆灭。毛泽东大病一场，几个月后才走出沮丧的阴影，振作起来。
1972年2月21日尼克松、基辛格抵达北京，达成了联合对抗苏联的默契，还达成了关于越战的交易：中国配合美国，解决越战问题；作为回报，美国表示“知悉台湾海峡两边的中国人（注：指共产党和国民党）都认为台湾是中国的一部分”。“中美和解”达成了中国加入国际反苏阵线以得到西方庇护的目的，也加强了美国在冷战上的优势。毛泽东的大胆决策和周恩来的积极努力，终于在一定程度上化解了令人畏惧的苏联威胁。后来毛泽东对基辛格透露他的“联美”用意：“我说要搞一条横线（联合），就是纬度，有美国、日本、中国、巴基斯坦、伊朗、土耳其、西欧，一起整那个王八蛋（苏联）。”而尼克松“联华”的用意是利用中苏矛盾、中越矛盾来结束越南战争。
时间进入1973年。这年1月27日“巴黎停战协定”正式签署，越南战争的转折到来。美国在越南的军事角色将终止于同年3月29日。美国在进行撤军事宜，北越则把更多的武器军火和战士抢运进南越领土内的越共游击区，作为继续战争的准备。韩国、澳洲、新西兰等国的派遣部队陆续撤出了南越。同时，尼克松政府对不同意停战条件的南越政府施加压力，使南越最终同意了“停战协定”。此时，北越仍然周旋于中苏争拗之间，以便继续取得中国的援助；另一方面，北越早对中共的“背弃”产生强烈不满，将有关中共在印度支那活动的文件或记载送交苏联留档。2000年俄国解密了那些文件中的77件文本，包括中越、中寮（寮共）和中柬（红高棉）领导人的会谈记录，公诸于世。中共乐此不疲地送祸越、柬、寮、泰、马、缅诸国的一系列事实，大白天下，无可掩饰。
“巴黎停战协定”签署后，美军撤出越南，越共部队撤出柬埔寨和寮国。北越最终获胜的最大障碍消失了。“巴黎停战协定”规定：外国军队撤出南越，而越共武装却不必撤出南越，因为北越否认打着“南方阵线”招牌的30万“人民军”是外国军队。急于达成协定的尼克松、基辛格以自欺为荣，对北越做出了让步。这是美国有史以来第一次放弃了它保卫自由的伟大使命，它为保卫南越所付出它的5万多个美国人的生命，并没有留下历史成绩——侵略未必会失败，反侵略却付出了惨重代价。
几天后的1973年2月1日周恩来在北京转述毛泽东的评论是：“美国军队离开南越的协定是个好事。在美国人撤出后，处理（南越）阮文绍政权就很容易了。美国为什么这么做？美国派了那么多军队到印度支那，花了那么多的钱，但是越南问题没有解决。最后达成了协议，美军将撤出南越，可是协议没规定北越的部队也撤出。阮文绍强烈反对美国这么做。当然美国右派也不赞成这个协议。”
在“巴黎停战协定”生效后的两年里（1973-1975年），北越又向南越渗透了10万兵员、700辆坦克和1,500门火炮，并上万次地违反停火协定，伤亡了南越10万名军民。但在1973年1月那时，世界上许多人都天真地相信那个在共产党看来如同废纸的“巴黎停战协定”将把和平带给东南亚。美国的反战派和西方“左派”们也自视为世界和平的“大救星”，狂欢庆祝。“巴黎停战协定”的谈判代表基辛格和黎德寿（一个自欺欺人的外交家和一个严肃沉稳的政治骗子）因此获得1973年的“诺贝尔和平奖”。基辛格喜滋滋跑去领奖，黎德寿冷峻拒绝获奖。
根据巴黎协议的第20条款，越共也撤离了柬埔寨。但越共保留了他们在柬埔寨“胡志明小道”区域的基地和设施。当时美国苏联都不了解越共与红高棉并不是一回事，美、苏还以为柬共仅是越共的傀儡，越共撤出柬埔寨，柬共也会自行解散。但事实远非如此。1973年1月29日北越、南越、寮国都实现了停火，金边政府也单方面停火，不停火的是红高棉，原因仍是中国的幕后策动。朗诺邀请红高棉谈判，并宣布特赦红高棉全部人员，以便实现民族和解与国家和平。
但是周恩来不愿看到东南亚出现和平，相反他谋划挑起更多的战斗。在停火前夕，1月24日周恩来对西哈努克道：“据北越告诉我们的大使说，停战不包括在柬埔寨和寮国的战斗。听说停战协议提示，印度支那3个国家自己解决自己的战争问题。这意味着其他国家不能干预这3个国家的事情。”于是，2月7日西哈努克在北京宣布继续进行柬埔寨内战。事实上，负责柬埔寨事务的越共领导人范雄提前在1973年1月24-26日与波布多次讨论过执行停火协定，但波布清楚地表示要继续进行柬埔寨内战。
从2月开始，红高棉加强了对金边政府的攻击，并不理会河内所坚持的要红高棉与金边政府展开谈判的建议。这差不多表明了红高棉开始背叛北越，而乔森潘却声称“河内抛弃了我们”，此话被西哈努克所记录。河内的官方文件说：“北越人（从柬埔寨）的撤出放开了柬共对越共的依赖，红高棉激进份子们开始施实中国式的‘人民公社化’和‘文化大革命’的政策，重组了村庄的集体生活。这是北越人撤出后的一个显著转变。这是个危险的预示，它将不可避免地引导柬共偏离跟随越共的路线，并将更多地倾向于中国共产党的经验。”秀蒲拉西也证实：“在1973年，北越人的最大问题是，他们需要买柬埔寨大米。但是我们（解放区）废除了钱币，农民无法使用钱币，如果农民生活在没有商品贸易的集体合作社里，农民就不能把大米卖给北越人。”
1973年北越人撤出柬埔寨后，“柬共河内派”干部纷纷遭到红高棉的秘密捕杀，最后仅有极少数“河内派”干部逃回了北越。此时，在红高棉广播电台工作的“河内派”干部彭索万不辞而别，突然潜逃，才保全了性命。据说彭索万在逃离之前，秘密地调查了当年柬共总书记杜萨木是如何消失的，所有的嫌疑都明确地指向了波布和英萨利。而且在调查中，彭索万发现红高棉与原“柬共”是两种不同的共产党组织。
