中国和菲律宾因南海主权争议亦已关系紧张。
菲律宾渔政当局周二（5月17日）称扣押了两艘怀疑非法捕捞的中国渔船及船上25名中国渔民。
中国外交部发言人洪磊在北京的例行记者会上被问及此事时表示不知情，需要更多了解情况。
中菲关系因南海主权争议正日趋紧张。荷兰海牙常设仲裁法院不久将就菲律宾就此提出的诉讼作出裁决，中国则称南海仲裁庭应该“解散”。
据路透社报道，菲律宾海岸卫队和渔业与水产资源局的联合行动组周一在该国最北部海域截获了两艘中国渔船。
当时，这两艘船正在巴布延岛和巴丹群岛省之间的水域行驶，但没有进入菲律宾领海的许可证。
这片水域不在两国有主权争议的范围。
菲律宾2013年向海牙国际仲裁庭提交与中国在南海的主权争议案，
菲律宾渔业与水产资源局（BFAR）在声明中指出，被扣押的两艘渔船当时颠倒悬挂着菲律宾国旗。
菲方查获的文件显示，两艘渔船都是中国注册登记，但船上渔民无法出示进入菲律宾海域的许可证。
BFAR局长佩雷兹（Asis Perez）说，根据现有规则，“两艘外国渔船都悬挂菲律宾国旗这一事实导致他们涉嫌非法捕捞的推断”。
菲律宾法庭曾于2014年对9名中国渔民处以每人10.2万美元的罚款；菲律宾当局在斯普拉特利群岛（中国称南沙群岛）的争议水域截获他们的渔船时发现船上有数百只海龟。
中国政府在那次事件中向马尼拉提出了抗议，拒绝承认菲律宾法庭的审判。
